模拟生物网络的实际工作

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在暑假期间,高露洁学生们运用他们的文科知识在各种现实世界的设置,和他们保持我们的社区张贴在他们的进展。应用数学主要瓦尼kanoria '22,从印度加尔各答,介绍她的数学模型研究。 

今年夏天,我曾作为一个研究助理的数学和生物学副教授 艾哈迈德AY。作为应用数学专业,我想工作的一个项目,直接使用数学和计算机科学来解决问题。在这种情况下,研究的主题是特定的生物调节网络或一组基因或蛋白质互相作用,以控制特定细胞的功能。 

我们试图模拟网络控制通过数学建模胚胎发育过程中脊椎动物分割。简单来说,我们使用概率和微分方程在代码行重新创建在细胞发生的情况。我在Matlab代码写到与时间,以模拟不同的mRNA和蛋白和二聚的物质的浓度的变化为数千反应均每分钟烧成。

我曾在这个项目上远离印度加尔各答 - 从一个我最初心目中有不同的体验。而不是基于校园里,我曾在家里一起我的大家族,有教授在变焦满足日常AY和电邮他,当我有任何问题。我完成了文学评论,搜索算法,模拟精度和速度的适当平衡模型,并写代码来实现这些算法。 

我们面临的是准确地模拟系统,并纳入一些随机性反应的烧制的主要挑战之一。我写的代码的不同部分,运行它,然后等着看结果。如果模拟跑,直到最后,我可以看到,如果一个特定物种的浓度振荡 - 如果它大涨与大跌有一段时间和幅度。如果是振荡的,我知道我的代码是有点工作。

我不得不通过我的个人电脑金沙体育滚球高露洁全电脑实验室。我提交了一些更扩展模拟运行图灵超级高露洁。这台超级计算机处理的模拟和返回的输出给我。 

在九个星期,我做这个夏天的研究,我执行完在MATLAB三种不同的算法。但是,我还不能测试我的脊椎动物分割代码。教授AY计划使用此代码来研究基因表达的变化是如何在这个重要的生物系统控制。

它是如此奖励,以建立一些显著今年夏天。我不仅学到教授AY的专业知识很多,但我也觉得独立感在我的工作。这是惊人的,研究认为能够模仿天然生物行为的数学模型。